Alfred Wegener era el menor de cinco hijos de la familia de un pastor luterano. Su padre, Richard Wegener, era teólogo y profesor de Lenguas Clásicas en la escuela secundaria en la abadía de Grey en Berlín.
La casa donde residió de pequeño se ha convertido en una casa de información turística y un monumento a Alfred Wegener. Wegener estudió en el antiguo Gimnasio Köllnische en Wall Street, donde se graduó como el mejor de su clase. Luego estudió desde 1900 hasta 1904 física, meteorología y astronomía en Berlín, Heidelberg e Innsbruck. Entre 1902-1904 fue asistente de estudio en el Observatorio Urania (que era público) en Berlín. Su tesis doctoral de Astronomía la escribió en la Universidad de Berlín en 1905, pero luego se dedicó más a la meteorología y la física.
En 1905, Wegener trabajó como asistente en el Observatorio de Aeronáutica en Lindenberg Beeskow.
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