Wegener participó en la expedición dirigida por el danés Ludvig Mylius-Erichsen, que tuvo como objetivo explorar la última pieza desconocida de la costa noreste de Groenlandia. Wegener construyó la primera estación meteorológica en Groenlandia, Danmarkshavn.
Después de su regreso en 1908 y hasta el estallido de la Primera Guerra Mundial Wegener fue profesor de meteorología, la astronomía y la física cósmica práctica en Marburgo. Entre 1909/10, trabajó en su libro de Termodinámica de la atmósfera.
Estos años son algunos de los períodos más creativos de Wegener. El 6 de noviembre de 1912, empezó a exponer públicamente sus primeros pensamientos sobre deriva continental. Durante este tiempo conoció a Else Köppen, que en 1913 se convirtió en su esposa. Antes de la boda tomó parte en una segunda expedición a Groenlandia. Después de dicha expedición realizarse en Islandia, la expedición se dirigió otra vez a Danmarkshavn.
Después de su regreso, se casó con Else Köppen. Ella era la hija del exprofesor de Wegener y mentor, el meteorólogo Wladimir Koppen.
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